Việc xây dựng quần đảo Dubai Palm đã có tác động đáng kể đến môi trường xung quanh, dẫn đến những thay đổi đối với động vật hoang dã trong khu vực, xói lở bờ biển, bùn cát ven bờ và sóng biển. Trầm tích bị khuấy động do thi công đã gây ra việc thiếu oxy để hô hấp và làm tổn thương động vật biển địa phương và làm giảm lượng ánh sáng mặt trời chiếu xuống thảm thực vật ven biển. Các biến động trong vận chuyển trầm tích ven bờ đã dẫn đến những thay đổi trong việc xói lở dọc bờ biển Các Tiểu vương quốc, cũng đã làm trầm trọng thêm việc di chuyển của sóng biến thay đổi trong vùng biển của vịnh Ba Tư.

Các dự án của Dubai đã trở thành một nguyên nhân phàn nàn của các nhà môi trường. Tổ chức Hòa bình xanh đã chỉ trích quần đảo Cây Cọ vì thiếu tính bền vững, và Mongabay.com, một trang web dành riêng cho bảo tồn rừng mưa, đã chỉ trích các đảo nhân tạo của Dubai rằng:

Những thay đổi đáng kể trong môi trường biển [của Dubai] đang để lại một vết sẹo hình ảnh [...] Kết quả của việc nạo vét và tái tạo cát cho việc xây dựng các hòn đảo, vùng nước tinh thể đặc trưng của vịnh Ba Tư ở Dubai đã trở nên mờ đục nghiêm trọng với bùn. Hoạt động xây dựng đang làm hư hại sinh cảnh biển, chôn vùi các rặng san hô, các lớp hàu và các bãi cỏ dưới lòng đất, đe dọa các loài sinh vật biển địa phương cũng như các loài khác phụ thuộc vào chúng đối với thực phẩm. Các lớp hàu đã được bao phủ trong hơn 5 cm trầm tích, trong khi trên mặt nước, các bãi biển đang bị xói mòn với sự gián đoạn của dòng chảy tự nhiên.